¿Qué juego es? Si al pinchar en la instancia de DOSBox desaparece el puntero, lo más probable es sencillamente que ese juego no use el ratón, muchísimos juegos y programas antiguos para DOS no lo usaban. El controlador que te has descargado no te sirve ni lo necesitas en DOSBox, sólo si usaras MS-DOS real.
Como digo probablemente no haya ningún problema y el juego se controle con el teclado (y si acaso joystick).
(El D-Fend y su tutorial están
aquí, pero yo recomiendo los tutoriales que hay ahora en su lugar, el que ha enlazado Neilad al que también se puede acceder desde mi firma.)