Windows 98 no arranca, que yo recuerde, desde CD. Necesitas iniciar el PC con un disco de arranque con soporte genérico para unidades de CD-ROM.
En
esta web tienes discos de arranque para varios SO, entre ellos Windows 98.
Asímismo, el disco duro no puede tener ningún SO instalado posterior a Window 98. O sea, se instalará sobre FreeDOS, MS-DOS y Windows 95, pero no sobre Windows XP o Vista.
Y tampoco olvides desactivar desde la BIOS la protección antivirus, porque si no el programa de instalación no podrá escribir datos cruciales.